Après un début de carrière très prometteur chez les jeunes d'Anderlecht, l'ailier a déménagé en Angleterre en rejoignant Chelsea et était vu comme une future star du football. Cependant, les blessures à répétition l'ont empêché de montrer pleinement son potentiel.
Blessé au genou, opéré par la suite et victime d'une rééducation difficile, le Belge n'a plus mis les pieds sur un terrain depuis août 2019: Être incapable de faire ce que vous aimez faire pendant trois ans en raison de blessures: c’est très difficile". a-t-il déclaré à la BCC.
Le natif de Bruxelles est, par contre, optimiste pour son futur: "Je me sens comme un combattant se préparant pour un match de boxe. Ce serait un retour incroyable, une histoire incroyable. Chaque jour, je me rapproche d’un retour. Je suis sur la bonne voie. Si je peux revenir au plus haut niveau, je crois que je peux être footballeur professionnel pendant encore dix ans. C’est mon objectif."
Charly Musonda Jr appartient toujours à Chelsea. Son contrat avec les Blues se termine la saison prochaine.