Wagner a joué la majeure partie de sa carrière en Allemagne, avec deux passages au Bayern Munich, où il a été formé, en 2007-2008 et 2018-2019.
Il a également joué à Duisbourg, au Werder Brême, à Kaiserslautern, au Hertha Berlin et à Hoffenheim.
En 2019, il avait rejoint le club chinois Tiajin Teda, où il avait résilié son contrat il y a une semaine.
Il a porté le maillot de la mannschaft allemande entre 2017 et 2018, et l'on se souvient de la polémique née de sa non sélection pour le mondial russe, alors qu'il était l'un des meilleurs buteurs de la Bundesliga, avec 12 goals inscrits pour le compte du Bayern.
Wagner ne va cependant pas totalement se retirer du football.